Los programas Agonista/Antagonista consisten en ir alternando las contracciones entre los canales 1 y 2 y, a continuación, los canales 3 y 4. De esta manera se obtiene un trabajo dinámico movilizando un segmento del miembro en un sentido y luego en el otro y, así, trabajar la amplitud articular.
Este trabajo resulta especialmente eficaz gracias al hecho singular de que la estimulación de un músculo produce una disminución del tono del músculo antagonista por reflejo de inhibición recíproca.

Dejando a un lados los aspectos propios del sistema agonista/antagonista, la programación sigue los principios de los tratamientos de amiotrofia y fortalecimiento muscular.

Los programas empleados serán:
- Amiotrofia
- Fortalecimiento